Il primo documento arrivato fino a noi concernente questa chiesa risale all’anno 1172: è il decreto con cui il vescovo di Padova, Gerardo Offreducci, il 20 febbraio concede a S. Biagio il diritto del fonte battesimale con facoltà di conferire il battesimo solenne. In forza di questo decreto la chiesa poteva avere assegnati un presbitero e chierici. L’anno appresso papa Alessandro III confermava con un suo breve la concessione fatta dal vescovo.  Il medesimo vescovo Gerardo il 15 novembre 1175 consacrava la chiesetta.
Non risulta che la chiesa di S. Biagio sia mai stata parrocchia, anche se in qualche documento appare questo titolo; essa fu sempre chiesa succursale o sussidiaria di Tramonte, nel cui ambito territoriale si trovava, ed era servita dallo stesso parroco, il quale, particolarmente dopo l’erezione della confraternita di S. Biagio, aveva l’onere di celebrarvi la messa ogni prima domenica del mese e il lunedì successivo. In seguito alle disposizioni del concilio di Trento, furono istituiti anche a S. Biagio corsi di dottrina cristiana per fanciulli e adulti, e per tali corsi era designato dall’abate di Praglia un monaco dello stesso monastero.
Nel secolo XV la chiesetta fu ricostruita con le strutture che sostanzialmente si sono conservate fino a oggi: unico vano con un solo altare; pronao a tre arcate, campanile con due campane e sacrestia. Verso il 1615 fu eretto un secondo altare dedicato a san Carlo Borromeo appena canonizzato.
A fianco della chiesa vi era un cimitero per la sepoltura dei parrocchiani abitanti in pianura; di esso si occuparono le visite pastorali, disponendo che fosse tenuto in ordine e ricinto per evitare l’entrata di animali.
La chiesa aveva in dotazione vari appezzamenti di terra, per lo più boschiva: un inventano del 1512 (?) ne elenca sette per un totale di una trentina di campi. La manutenzione dei fabbricati e le spese di culto erano a cura della confraternita.
Come per la parrocchia di Tramonte, anche per la chiesa di S. Biagio le visite pastorali erano fatte tanto dai vescovi di Padova quanto dagli abati di Praglia, personalmente o per mezzo di delegati.
La chiesa continuò a funzionare fino al 1889, quando fu chiusa sia perché pericolante, sia per il trasferimento provvisorio della parrocchia dalla chiesa di S. Giorgio di Tramonte a quella di Praglia, che provvedeva sufficientemente ai bisogni pastorali dei fedeli. Con l’assetto definitivo della parrocchia all’inizio del secolo scorso, a seguito del ritorno dei benedettini nel loro monastero (1904), la chiesa di S. Biagio si trovò unita alla parrocchia di Praglia per due motivi: sia perché situata nel comprensorio della nuova parrocchia monastica, sia perché proprietà del monastero.
Nel 1928 la chiesa fu restaurata e riaperta al culto, e il 28 aprile 1929 venne iniziata la costruzione dell’asilo infantile, ora Scuola Infanzia “San Benedetto”, a fianco e dietro la costruzione esistente.
Il 28 maggio 1930 giunsero le prime “Suore di Carità di S. Croce d’Ingenbohl”, che vi rimasero per cinque anni. Nel 1935, ritiratesi le suore di S. Croce, furono sostituite con le “Suore Benedettine di Carità”, che esplicano tuttora la loro opera nella scuola materna e in altre iniziative a servizio della parrocchia.